انجمن‌های فارسی اوبونتو

کمک و پشتیبانی => نرم‌افزارهای فنی-مهندسی => نویسنده: mahsagoli در 05 آذر 1399، 07:46 ب‌ظ

عنوان: slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 05 آذر 1399، 07:46 ب‌ظ
سلام دوستان وقت بخیر...
من لپ تاپ ام 5 هسته ای هست، ولی میخوام با vmware station از نرم افزار کوانتوم اسپرسو ران بگیرم...اما وقتی این دستور را وارد میکنم، متاسفانه این ارور رو میده و همون ابتدای ران متوقف میشه...کسی میدونه این ارور رو در لینوکس چطور میتونم بر طرف کنم.
در ضمن 2 np- , و حتی 1 np- را هم امتحان کردم...ولی باز ران نمیشه...ممنون میشم راهنمایی ام کنید لطفااا

متن دستور:mpirun -np 2 pw.x <Sample-1.pw.in> Sample-a.pw.out
متن ارور:
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.

عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 05 آذر 1399، 08:34 ب‌ظ
درود بر تو،

برو توی کدی که هست ببین که فانکشن MPI_Abort رو چجوری تعریف کردی.

https://www.mpich.org/static/docs/latest/www3/MPI_Abort.html
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 05 آذر 1399، 09:11 ب‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 05 آذر 1399، 08:34 ب‌ظ
درود بر تو،

برو توی کدی که هست ببین که فانکشن MPI_Abort رو چجوری تعریف کردی.

https://www.mpich.org/static/docs/latest/www3/MPI_Abort.html


مرسی...من برای پکیج های موازی ساز به ترتیب اول gfortran و بعد هم mpich  رو نصب کردم...این mpi و اصلا نمیفهمم چی میگه...من تازه دارم با لینوکس کار میکنم...الان این ارور دقیقا چیه؟؟ ممکنه بیشتر راهنمایی کنید لطفاا
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 05 آذر 1399، 10:11 ب‌ظ
من با نرم‌افزار Quantum Espresso آشنایی ندارم، فقط اسمشو شنیدم و توی مخزن‌های اوبونتو هم هست، اگه خواستی نصبش کنی،‌می‌تونی با دستور زیر نصبش کنی:

کد: [انتخاب]
$ sudo apt install quantum-espresso

دستوری که شما وارد کردی mpirun مربوط به بسته mpich هست که با دستورهای زیر قابل نصب هستن:

کد: [انتخاب]
$ sudo apt install mpich mpich-doc

این MPICH یکی از implementation های MPI هست، یعنی چی؟ یعنی MPI یه استاندارد هست برای parellel کردن برنامه‌ها. پارالل یعنی چی؟ یعنی انگار ما مثلا ۵۰ تا از اون برنامه‌مون رو داریم به صورت همزمان اجرا می‌کنیم. پس در نتیجه، سریع‌تر اون برنامه خروجی مدنظر رو به ما می‌ده.
و MPICH پیاده‌سازی اون هست، یعنی یه عده‌ای نشستن و بر اساس اون استاندارد (MPI) با زبون برنامه‌نویس C کد زدن و یه نرم‌افزار دادن بیرون و اسمش رو گذاشتن MPICH.


توی گنو/لینوکس برای راهنمایی یه نرم‌افزاری هست به اسم man که اگه اون رو توی ترمینال بزنید، manual برنامه‌ها رو نشون می‌ده. مثلا با دستور زیر راهنمای mpirun رو بهمون نشون می‌ده:
کد: [انتخاب]
$ man mpirun

دستوری که شما وارد کردی این هست:
کد: [انتخاب]
$ mpirun -np 2 pw.x <Sample-1.pw.in> Sample-a.pw.out

که توی اون
کد: [انتخاب]
-np 2
به معنای این هست که mpich دو بار نرم‌افزار رو به صورت همزمان داره اجرا می‌کنه.

کد: [انتخاب]
pw.x
یکی از optionهای quantum espresso هست که من نمی‌شناسم.

https://www.quantum-espresso.org/Doc/INPUT_PW.html

و
کد: [انتخاب]
<Sample-1.pw.in>
به جای این باید اسم و دیرکتوری فایل ورودی رو بدی. مثلا Sample-2.pw.in

و
کد: [انتخاب]
Sample-a.pw.out
که به نظر می‌رسه یعنی اینکه خروجی رو به این اسم ذخیره کن.

هرجای چیزهایی که گفتم رو متوجه نشدی، به ویکی‌پدیای انگلیسی رجوع کن، خیلی کامل همه‌چی رو توضیح داده و این که قدم به قدم، همه رو یادبگیر و بیا جلو، یه هو نمی‌شه پرید وسط معرکه.
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 05 آذر 1399، 11:13 ب‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 05 آذر 1399، 10:11 ب‌ظ
من با نرم‌افزار Quantum Espresso آشنایی ندارم، فقط اسمشو شنیدم و توی مخزن‌های اوبونتو هم هست، اگه خواستی نصبش کنی،‌می‌تونی با دستور زیر نصبش کنی:

کد: [انتخاب]
$ sudo apt install quantum-espresso

دستوری که شما وارد کردی mpirun مربوط به بسته mpich هست که با دستورهای زیر قابل نصب هستن:

کد: [انتخاب]
$ sudo apt install mpich mpich-doc

این MPICH یکی از implementation های MPI هست، یعنی چی؟ یعنی MPI یه استاندارد هست برای parellel کردن برنامه‌ها. پارالل یعنی چی؟ یعنی انگار ما مثلا ۵۰ تا از اون برنامه‌مون رو داریم به صورت همزمان اجرا می‌کنیم. پس در نتیجه، سریع‌تر اون برنامه خروجی مدنظر رو به ما می‌ده.
و MPICH پیاده‌سازی اون هست، یعنی یه عده‌ای نشستن و بر اساس اون استاندارد (MPI) با زبون برنامه‌نویس C کد زدن و یه نرم‌افزار دادن بیرون و اسمش رو گذاشتن MPICH.


توی گنو/لینوکس برای راهنمایی یه نرم‌افزاری هست به اسم man که اگه اون رو توی ترمینال بزنید، manual برنامه‌ها رو نشون می‌ده. مثلا با دستور زیر راهنمای mpirun رو بهمون نشون می‌ده:
کد: [انتخاب]
$ man mpirun

دستوری که شما وارد کردی این هست:
کد: [انتخاب]
$ mpirun -np 2 pw.x <Sample-1.pw.in> Sample-a.pw.out

که توی اون
کد: [انتخاب]
-np 2
به معنای این هست که mpich دو بار نرم‌افزار رو به صورت همزمان داره اجرا می‌کنه.

کد: [انتخاب]
pw.x
یکی از optionهای quantum espresso هست که من نمی‌شناسم.

https://www.quantum-espresso.org/Doc/INPUT_PW.html

و
کد: [انتخاب]
<Sample-1.pw.in>
به جای این باید اسم و دیرکتوری فایل ورودی رو بدی. مثلا Sample-2.pw.in

و
کد: [انتخاب]
Sample-a.pw.out
که به نظر می‌رسه یعنی اینکه خروجی رو به این اسم ذخیره کن.

هرجای چیزهایی که گفتم رو متوجه نشدی، به ویکی‌پدیای انگلیسی رجوع کن، خیلی کامل همه‌چی رو توضیح داده و این که قدم به قدم، همه رو یادبگیر و بیا جلو، یه هو نمی‌شه پرید وسط معرکه.


توضیحاتتون خیلی خوب و کامل بود...ممنون از وقتی که گزاشتید...اون np 4 رو من با توجه به فیلم های اموزشی که دارم میبینم نوشتم و اونجا میگفت یعنی همزمان هر 4 هسته ی کامپیوتر کارکنه و نرم افزار رو ران بده...دقیقا همونطور که شما گفتید باعث میشه زودتر تموم بشه خروجی دادن.
من فقط هنوز نمیدونم الان اون اروری که میاد، یعنی اینکه mpich درست نصب نشده(منم دقیقا مشابه روش شما نصبش کردم) و یا مشکل دقیقا چیه؟ و اینکه راه حل این ارور رو ممکنه راهنمایی کنید لطفا....پیشاپیش بازم از راهنمایی و تایمی که گذاشتید خیلی ازتون متشکرم
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 05 آذر 1399، 11:43 ب‌ظ
اگه شما از مخزن نصب کرده باشید، یعنی اینکه درست نصب شده، برای اینکه ببینید از چه نسخه‌ای استفاده می‌کنید، دستور زیر رو توی ترمینال بزنید:

کد: [انتخاب]
$ mpichversion

فایل ورودی که به نرم‌‌افزار می‌دید، اسمش چیه؟
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 05 آذر 1399، 11:59 ب‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 05 آذر 1399، 11:43 ب‌ظ
اگه شما از مخزن نصب کرده باشید، یعنی اینکه درست نصب شده، برای اینکه ببینید از چه نسخه‌ای استفاده می‌کنید، دستور زیر رو توی ترمینال بزنید:

کد: [انتخاب]
$ mpichversion

فایل ورودی که به نرم‌‌افزار می‌دید، اسمش چیه؟
MPICH Version:       3.3
MPICH Release date:   Wed Nov 21 11:32:40 CST 2018
MPICH Device:       ch3:nemesis
MPICH configure:    --build=x86_64-linux-gnu --prefix=/usr --includedir=${prefix}/include --mandir=${prefix}/share/man --infodir=${prefix}/share/info --sysconfdir=/etc --localstatedir=/var --disable-silent-rules --libdir=${prefix}/lib/x86_64-linux-gnu --libexecdir=${prefix}/lib/x86_64-linux-gnu --disable-maintainer-mode --disable-dependency-tracking --with-libfabric --enable-shared --prefix=/usr --enable-fortran=all --disable-rpath --disable-wrapper-rpath --sysconfdir=/etc/mpich --libdir=/usr/lib/x86_64-linux-gnu --includedir=/usr/include/x86_64-linux-gnu/mpich --docdir=/usr/share/doc/mpich CPPFLAGS= CFLAGS= CXXFLAGS= FFLAGS= FCFLAGS=
MPICH CC:    gcc  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/mpich-grIb9u/mpich-3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security  -O2
MPICH CXX:    g++  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/mpich-grIb9u/mpich-3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -O2
MPICH F77:    f77  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/mpich-grIb9u/mpich-3.3=. -fstack-protector-strong -O2
MPICH FC:    f95  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/mpich-grIb9u/mpich-3.3=. -fstack-protector-strong -O2
MPICH Custom Information:


اون دستور و زدم اینو میده...فایل ورودی ام هم یه فایل متنی از ساختار اتم های کربن هستش که اتفاقا خیلی هم سنگین نیست و فقط 6 تا اتم داره کلااا...و قراره با نرم افزار کوانتوم اسپرسو فایل انرژی کل یا scf رو بهم بده.
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 06 آذر 1399، 12:08 ق‌ظ
اسم اون فایل که می‌خوای به نرم‌افزار بدی چیه؟ filename
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 06 آذر 1399، 12:11 ق‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 06 آذر 1399، 12:08 ق‌ظ
اسم اون فایل که می‌خوای به نرم‌افزار بدی چیه؟ filename

دقیقا اسمش اینه...Sample-1.pw.in
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 06 آذر 1399، 03:17 ق‌ظ
این دستور رو بزن ببین چی می‌گه:

کد: [انتخاب]
$ $ mpirun -np 2 pw.x Sample-1.pw.in Sample-a.pw.out
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 06 آذر 1399، 10:31 ق‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 06 آذر 1399، 03:17 ق‌ظ
این دستور رو بزن ببین چی می‌گه:

کد: [انتخاب]
$ $ mpirun -np 2 pw.x Sample-1.pw.in Sample-a.pw.out

زدم اینو آورد...و یه فایل به نام input_tmp.in تولید کرد....و الان کلا روی این پیغامه و هیچ فایل output ای نداده فعلا.

 Program PWSCF v.6.3 starts on 26Nov2020 at 10:12:45

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote

     Parallel version (MPI), running on     2 processors

     MPI processes distributed on     1 nodes
     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =       2
     Waiting for input...
   
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: سلمان م. در 06 آذر 1399، 01:34 ب‌ظ
تا این‌جاش درسته،‌بقیه‌اش رو باید از کسی پرسید که اون نرم‌افزار رو بلد باشه.
عنوان: پاسخ : slot error
ارسال شده توسط: mahsagoli در 06 آذر 1399، 02:21 ب‌ظ
نقل‌قول از: سلمان م. در 06 آذر 1399، 01:34 ب‌ظ
تا این‌جاش درسته،‌بقیه‌اش رو باید از کسی پرسید که اون نرم‌افزار رو بلد باشه.

خیلی خیلی از راهنمایی هاتون ممنونم [-o<