همینطور که جادی عزیز گفتن، پیشنهاد میشه دوباره توزیع رو نصب کنی.
قبل از اینکه هر دستوری رو توی ترمینال اجراکنی در مورد اون بیشتر بخون :
http://30li.ir/bash/commands/chmod (http://30li.ir/bash/commands/chmod)
اون R- که شما استفاده کردی به عنوان گزینهی اختیاری(آپشن)، درواقع به صورت بازگشتی تمام زیرمسیرها رو تغییر میده.