انجمن‌های فارسی اوبونتو
کمک و پشتیبانی => انجمن عمومی => نویسنده: k1ms در 15 امرداد 1392، 07:28 ق‌ظ
-
سلام دوستان
من با یه فایلی که محتوای متنی داره ولی فرمت اون pdb هست و اطلاعات پروتيین ها توش هست و میشه با نرم افزار های گرافیکی مثل VMD اون رو مشاهده کرد. مشکلی که من دارم این هست که وقتی این فایل رو با LibreOffice Calc تو اوبونتو 12.04 باز میکنم و اطلاعات یک سری از ستون ها رو تغییر میدم دیگه فایل ذخیره شدم در محیط گرافیکی به هم میریزه نمیدونم مشکلم کجاست در باز کردن فایل مثلا charachter set رو اشتباه انتخاب میکنم یا اینکه اشتباه ذخیره میکنم فایلم رو. برای نمونه دو تا نمونه pdb میزارم که میخوام سه ستون آخر فایل 1.pdb رو مثل سه ستون آخر 2.pdb کنم و همچنین شکل کلی اون رو مشابه فایل دوم یعنی pdb.2 کنم که بعد از تغییر فایل مشکل پیدا نکنه و نرم افزار های گرافیکی مدل سازی پروتيین ها بتونن اون رو بخونن.
1.pdb
COMPND UNNAMED
AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 02/03/00
CRYST1 0 0 0 -nan -nan -nan P 1 1
HETATM 1 C LIG 1 -17.192 -17.016 0 1 0 C
HETATM 2 C LIG 1 -18.42 -16.307 0 1 0 C
HETATM 3 C LIG 1 -18.42 -14.889 0 1 0 C
HETATM 4 C LIG 1 -17.192 -14.18 0 1 0 C
HETATM 5 C LIG 1 -14.736 -17.016 0 1 0 C
HETATM 6 C LIG 1 -15.964 -16.307 0 1 0 C
HETATM 7 C LIG 1 -15.964 -14.889 0 1 0 C
HETATM 8 C LIG 1 -14.736 -14.18 0 1 0 C
HETATM 9 C LIG 1 -12.28 -17.016 0 1 0 C
HETATM 10 C LIG 1 -13.508 -16.307 0 1 0 C
HETATM 11 C LIG 1 -13.508 -14.889 0 1 0 C
HETATM 12 C LIG 1 -12.28 -14.18 0 1 0 C
HETATM 13 C LIG 1 -9.824 -17.016 0 1 0 C
HETATM 14 C LIG 1 -11.052 -16.307 0 1 0 C
2.pdb
CRYST1 0 0 0 90 90 90 P 1 1
ATOM 1 C GRA X 1 0 0 0 0 0 SHT C
ATOM 2 C GRA X 2 -1.228 0.709 0 0 0 SHT C
ATOM 3 C GRA X 3 -1.228 2.127 0 0 0 SHT C
ATOM 4 C GRA X 4 0 2.836 0 0 0 SHT C
ATOM 5 C GRA X 5 2.456 0 0 0 0 SHT C
ATOM 6 C GRA X 6 1.228 0.709 0 0 0 SHT C
ATOM 7 C GRA X 7 1.228 2.127 0 0 0 SHT C
ATOM 8 C GRA X 8 2.456 2.836 0 0 0 SHT C
ATOM 9 C GRA X 9 4.912 0 0 0 0 SHT C
ATOM 10 C GRA X 10 3.684 0.709 0 0 0 SHT C
ATOM 11 C GRA X 11 3.684 2.127 0 0 0 SHT C
ATOM 12 C GRA X 12 4.912 2.836 0 0 0 SHT C
ATOM 13 C GRA X 13 7.368 0 0 0 0 SHT C
ATOM 14 C GRA X 14 6.14 0.709 0 0 0 SHT C
ATOM 15 C GRA X 15 6.14 2.127 0 0 0 SHT C
ATOM 16 C GRA X 16 7.368 2.836 0 0 0 SHT C
-
با چه فرمتی ذخیره می‌کنی فایل‌ها رو بعد از ویرایش؟
-
سلمان م عزیز ممنون از پاسخت.
من وقتی که ذخیره میکنم فایلم رو پیام confirm file format میده که من بصورت use text CSV formet ذخیره میکنم اشتباهم همینه درسته؟ با فرمت ODF باید ذخیره کنم؟
-
۱. ببین این بدردت نمی‌خوره؟
Protein Data Bank (PDB) File Editor
http://sourceforge.net/projects/pdbeditorjl
۲. اگه کارت با این نشد، ببین نمی‌تونی فایل‌های pdb رو با gedit باز کنی؟ روش دابل کلیک نکن. راست کلیک کن بزن، open with...
-
سلمان م عزیز ممنون از پاسخ هات.
نرم افزار اول رو گرفتم چک میکنم به احتمال زیاد مشکلم حل بشه. خبر میدم نتیجه رو
-
سلمان م عزیز
با نرم افزاری که گفته بودی کار کردم ولی باز هم مشکلم رو حل نکرد با gedit هم مشکلم حل نشد الته تا حدی میشه با gedit اطلاعات رو ذخیره کرد ولی هم بسیار زمان بر میشه چون تعداد ستون هایی که باید اطلاعاتش عوض بشه حدودا هزار تا هست که تو gedit بسیار سخت هست کار کردن باهاش.
من فکر میکنم اگه بشه با LibreOffice Calc این کار رو کرد بسیار ساده تر خواهد بود.