انجمن‌های فارسی اوبونتو
کمک و پشتیبانی => نرم‌افزارهای فنی-مهندسی => نویسنده: HassanTavangar در 01 شهریور 1394، 02:30 ب‌ظ
-
با سلام خدمت دوستان
من برای نصب برنامه Lammps روی اوبنتوی 14.04 با گشتن توی انجمن به این پاسخ رسیدم
http://forum.ubuntu.ir/index.php/topic,72532.msg604437.html#msg604437
و طبق اون عمل کردم sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install build-essential openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev fftw2 fftw-devReading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
build-essential is already the newest version.
fftw-dev is already the newest version.
fftw2 is already the newest version.
libopenmpi-dev is already the newest version.
openmpi-bin is already the newest version.
openmpi-doc is already the newest version.
The following packages were automatically installed and are no longer required:
libllvm3.4 linux-headers-generic-lts-vivid linux-image-generic-lts-vivid
thermald
Use 'apt-get autoremove' to remove them.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
بعد لمپس رو دانلود کردم
$ gunzip lammps*.tar.gz
$ tar xvf lammps*.tarو چون در این نسخه لمپس Makefile.openmpi نبود از فایل Makefile.ompi_icc استفاده کردم که البته در این فایل جلوی این سه خط خالی بود( و دیگر ۳ و جود نداشت که به ۲ تبدیل کنم )
FFT_INC =
FFT_PATH =
FFT_LIB = بعد این دستور ها رو وارد کردم
cd lammps-*
cd src
$ make ompi_icc
که بعد از زمان طولانی این پیام آمد
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../velocity.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../verlet.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_data.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_dump.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_restart.cpp
mpicxx -g -O angle_charmm.o angle_cosine.o angle_cosine_delta.o angle_cosine_periodic.o angle_cosine_squared.o angle.o angle_harmonic.o angle_hybrid.o angle_table.o atom.o atom_map.o atom_vec_angle.o atom_vec_atomic.o atom_vec_body.o atom_vec_bond.o atom_vec_charge.o atom_vec.o atom_vec_ellipsoid.o atom_vec_full.o atom_vec_hybrid.o atom_vec_line.o atom_vec_molecular.o atom_vec_sphere.o atom_vec_template.o atom_vec_tri.o balance.o body.o bond.o bond_fene.o bond_fene_expand.o bond_harmonic.o bond_hybrid.o bond_morse.o bond_nonlinear.o bond_quartic.o bond_table.o change_box.o citeme.o comm_brick.o comm.o comm_tiled.o compute_angle_local.o compute_angmom_chunk.o compute_bond_local.o compute_centro_atom.o compute_chunk_atom.o compute_cluster_atom.o compute_cna_atom.o compute_com_chunk.o compute_com.o compute_contact_atom.o compute_coord_atom.o compute.o compute_dihedral_local.o compute_displace_atom.o compute_erotate_sphere_atom.o compute_erotate_sphere.o compute_group_group.o compute_gyration_chunk.o compute_gyration.o compute_heat_flux.o compute_improper_local.o compute_inertia_chunk.o compute_ke_atom.o compute_ke.o compute_msd_chunk.o compute_msd.o compute_omega_chunk.o compute_pair.o compute_pair_local.o compute_pe_atom.o compute_pe.o compute_pressure.o compute_property_atom.o compute_property_chunk.o compute_property_local.o compute_rdf.o compute_reduce.o compute_reduce_region.o compute_slice.o compute_stress_atom.o compute_temp_chunk.o compute_temp_com.o compute_temp.o compute_temp_deform.o compute_temp_partial.o compute_temp_profile.o compute_temp_ramp.o compute_temp_region.o compute_temp_sphere.o compute_torque_chunk.o compute_vacf.o compute_vcm_chunk.o create_atoms.o create_bonds.o create_box.o delete_atoms.o delete_bonds.o dihedral_charmm.o dihedral.o dihedral_harmonic.o dihedral_helix.o dihedral_hybrid.o dihedral_multi_harmonic.o dihedral_opls.o displace_atoms.o domain.o dump_atom.o dump_cfg.o dump.o dump_custom.o dump_dcd.o dump_image.o dump_local.o dump_movie.o dump_xyz.o error.o ewald.o ewald_disp.o fft3d.o fft3d_wrap.o finish.o fix_adapt.o fix_addforce.o fix_ave_atom.o fix_ave_chunk.o fix_ave_correlate.o fix_aveforce.o fix_ave_histo.o fix_ave_histo_weight.o fix_ave_spatial.o fix_ave_time.o fix_balance.o fix_box_relax.o fix.o fix_deform.o fix_drag.o fix_dt_reset.o fix_enforce2d.o fix_external.o fix_gravity.o fix_group.o fix_heat.o fix_indent.o fix_langevin.o fix_lineforce.o fix_minimize.o fix_momentum.o fix_move.o fix_nh.o fix_nh_sphere.o fix_nph.o fix_nph_sphere.o fix_npt.o fix_npt_sphere.o fix_nve.o fix_nve_limit.o fix_nve_noforce.o fix_nve_sphere.o fix_nvt.o fix_nvt_sllod.o fix_nvt_sphere.o fix_planeforce.o fix_press_berendsen.o fix_print.o fix_property_atom.o fix_qeq_comb.o fix_read_restart.o fix_recenter.o fix_respa.o fix_restrain.o fix_setforce.o fix_shear_history.o fix_spring.o fix_spring_rg.o fix_spring_self.o fix_store.o fix_store_force.o fix_store_state.o fix_temp_berendsen.o fix_temp_csld.o fix_temp_csvr.o fix_temp_rescale.o fix_tmd.o fix_tune_kspace.o fix_vector.o fix_viscous.o fix_wall.o fix_wall_harmonic.o fix_wall_lj1043.o fix_wall_lj126.o fix_wall_lj93.o fix_wall_reflect.o fix_wall_region.o force.o gridcomm.o group.o image.o improper.o improper_cvff.o improper_harmonic.o improper_hybrid.o improper_umbrella.o info.o input.o integrate.o irregular.o kspace.o lammps.o lattice.o library.o main.o math_extra.o memory.o min_cg.o min.o min_fire.o min_hftn.o minimize.o min_linesearch.o min_quickmin.o min_sd.o modify.o molecule.o msm_cg.o msm.o neigh_bond.o neighbor.o neigh_derive.o neigh_full.o neigh_gran.o neigh_half_bin.o neigh_half_multi.o neigh_half_nsq.o neigh_list.o neigh_request.o neigh_respa.o neigh_stencil.o output.o pair_adp.o pair_airebo.o pair_beck.o pair_bop.o pair_born_coul_long.o pair_born_coul_msm.o pair_born_coul_wolf.o pair_born.o pair_buck_coul_cut.o pair_buck_coul_long.o pair_buck_coul_msm.o pair_buck.o pair_buck_long_coul_long.o pair_comb3.o pair_comb.o pair_coul_cut.o pair_coul_debye.o pair_coul_dsf.o pair_coul_long.o pair_coul_msm.o pair_coul_streitz.o pair_coul_wolf.o pair.o pair_dpd.o pair_dpd_tstat.o pair_eam_alloy.o pair_eam.o pair_eam_fs.o pair_eim.o pair_gauss.o pair_hbond_dreiding_lj.o pair_hbond_dreiding_morse.o pair_hybrid.o pair_hybrid_overlay.o pair_lcbop.o pair_lj96_cut.o pair_lj_charmm_coul_charmm.o pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.o pair_lj_charmm_coul_long.o pair_lj_charmm_coul_msm.o pair_lj_cubic.o pair_lj_cut_coul_cut.o pair_lj_cut_coul_debye.o pair_lj_cut_coul_dsf.o pair_lj_cut_coul_long.o pair_lj_cut_coul_msm.o pair_lj_cut.o pair_lj_cut_tip4p_cut.o pair_lj_cut_tip4p_long.o pair_lj_expand.o pair_lj_gromacs_coul_gromacs.o pair_lj_gromacs.o pair_lj_long_coul_long.o pair_lj_long_tip4p_long.o pair_lj_smooth.o pair_lj_smooth_linear.o pair_mie_cut.o pair_morse.o pair_nb3b_harmonic.o pair_polymorphic.o pair_rebo.o pair_soft.o pair_sw.o pair_table.o pair_tersoff.o pair_tersoff_mod.o pair_tersoff_zbl.o pair_tip4p_cut.o pair_tip4p_long.o pair_yukawa.o pair_zbl.o pppm_cg.o pppm.o pppm_disp.o pppm_disp_tip4p.o pppm_stagger.o pppm_tip4p.o procmap.o random_mars.o random_park.o rcb.o read_data.o read_dump.o reader.o reader_native.o reader_xyz.o read_restart.o region_block.o region_cone.o region.o region_cylinder.o region_intersect.o region_plane.o region_prism.o region_sphere.o region_union.o remap.o remap_wrap.o replicate.o rerun.o respa.o run.o set.o special.o thermo.o timer.o universe.o update.o variable.o velocity.o verlet.o write_data.o write_dump.o write_restart.o -o ../lmp_ompi_icc
size ../lmp_ompi_icc
text data bss dec hex filename
4724855 8088 16360 4749303 4877f7 ../lmp_ompi_icc
make[1]: Leaving directory `/home/hassan/Downloads/lammps-10Aug15/src/Obj_ompi_icc'
بعد برای اجرای یک مثال این دستورات را زدم
$ cp lmp_ompi_icc ../bench
$ cd ../bench/
~/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc <in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc -in in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
وقتی bench دستور ls را زدم فایل lmp_ompi_icc وجود داشت.
~/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ ls
Cu_u3.eam in.rhodo log.15May15.eam.fixed.icc.4
data.chain in.rhodo.scaled log.15May15.eam.scaled.icc.4
data.chute KEPLER log.15May15.lj.fixed.icc.1
data.rhodo lmp_ompi_icc log.15May15.lj.fixed.icc.4
FERMI log.15May15.chain.fixed.icc.1 log.15May15.lj.scaled.icc.4
in.chain log.15May15.chain.fixed.icc.4 log.15May15.rhodo.fixed.icc.1
in.chain.scaled log.15May15.chain.scaled.icc.4 log.15May15.rhodo.fixed.icc.4
in.chute log.15May15.chute.fixed.icc.1 log.15May15.rhodo.scaled.icc.4
in.chute.scaled log.15May15.chute.fixed.icc.4 POTENTIALS
in.eam log.15May15.chute.scaled.icc.4 README
in.lj log.15May15.eam.fixed.icc.1
همان طور که مشاهده می کنید lmp_ompi_icc ساخته شده ولی command not found می دهد
الان باید چه کار کنم؟
ایا درست کامپال شده؟
چرا اجرا نمی شه؟
پیشاپش از همه دوستان به خاطر خواندن این متن طولانی تشکر می کنم
-
بعد از این که کامپایل کردی، نصبش کردی؟
$ sudo make installl
-
بعد از این که کامپایل کردی، نصبش کردی؟
$ sudo make installl
فکر کنم منظورت install بود
هیچ جای help نرم افزار این دستور که گفتی نبود من هم که زدم این پیام رو داد
$ sudo make install
[sudo] password for hassan:
make: *** [install] Error 1
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/src$ sudo make installl
make: *** [installl] Error 1
توی دستور make فقط این گزینه ها را دارم
make
make clean-all delete all object files
make clean-machine delete object files for one machine
make mpi-stubs build dummy MPI library in STUBS
make install-python install LAMMPS wrapper in Python
make tar create lmp_src.tar.gz of src dir and packages
make package list available packages
make package-status (ps) status of all packages
make yes-package install a single pgk in src dir
make no-package remove a single pkg from src dir
make yes-all install all pgks in src dir
make no-all remove all pkgs from src dir
make yes-standard (yes-std) install all standard pkgs
make no-standard (no-std) remove all standard pkgs
make yes-user install all user pkgs
make no-user remove all user pkgs
make no-lib remove all pkgs with external libs
make package-update (pu) replace src files with updated package files
make package-overwrite replace package files with src files
make package-diff (pd) diff src files against package files
make package-purge purge obsolete copies of package sources
make machine build LAMMPS for machine
make mode=lib machine build LAMMPS as static lib for machine
make mode=shlib machine build LAMMPS as shared lib for machine
make mode=shexe machine build LAMMPS as shared exe for machine
make makelist create Makefile.list used by old makes
make -f Makefile.list machine build LAMMPS for machine (old)
machine is one of these from src/MAKE:
# mpi = default MPI compiler, default MPI
# serial = g++ compiler, no MPI
... or one of these from src/MAKE/OPTIONS:
# fftw = default MPI compiler, default MPI, FFTW support
# intel_cpu = USER-INTEL package with CPU optimizations, Intel MPI, MKL FFT
# intel_phi = USER-INTEL package with Phi offload support, Intel MPI, MKL FFT
# jpeg = default MPI compiler, default MPI, JPEG support
# kokkos_cuda = KOKKOS package with CUDA support, OpenMPI, nvcc/mpicxx compiler
# kokkos_omp = KOKKOS package with OMP support, MPI compiler, default MPI
# kokkos_phi = KOKKOS package with PHI support, Intel compiler, default MPI
# mpich_g++ = g++ compiler and MPICH via MPI wrapper
# mpich_icc = icc compiler and MPICH via MPI wrapper
# mpich_native_g++ = g++ compiler, native MPICH w/out wrapper
# mpich_native_icc = icc compiler, native MPICH w/out wrapper
# omp = USER-OMP package with default MPI compiler, default MPI
# ompi_g++ = g++ compiler and OpenMPI via MPI wrapper
# ompi_icc = icc compiler and OpenMPI via MPI wrapper
# ompi_native_g++ = g++ compiler, native OpenMPI w/out wrapper
# ompi_native_icc = icc compiler, native OpenMPI w/out wrapper
# opt = OPT package with default MPI compiler, default MPI
# pgi = Portland Group compiler pgCC, MPICH, FFTW
# png = default MPI compiler, default MPI, PNG support
# serial_icc = icc compiler, no MPI
... or one of these from src/MAKE/MACHINES:
# linux = RedHat Linux box, Intel icc, MPICH2, FFTW
# bgl = LLNL Blue Gene Light machine, xlC, native MPI, FFTW
# bgq = IBM Blue Gene/Q, multiple compiler options, native MPI, ALCF FFTW2
# multiple compiler options for BGQ
# chama - Intel SandyBridge, mpic++, openmpi, no FFTW
# cygwin = Windows Cygwin, mpicxx, MPICH, FFTW
# glory = Linux cluster with 4-way quad cores, Intel mpicxx, native MPI, FFTW
# jaguar = ORNL Jaguar Cray XT5, CC, native MPICH, FFTW
# mac = Apple PowerBook G4 laptop, c++, no MPI, FFTW 2.1.5
# mac_mpi = Apple laptop, MacPorts Open MPI 1.4.3, gcc 4.8, fftw, jpeg
# mingw32-cross = Win 32-bit, gcc-4.7.1, MinGW, internal FFT, no MPI, OpenMP
# mingw32-cross-mpi = Win 32-bit, gcc-4.7.1, MinGW, internal FFT, MPICH2, OpenMP
# mingw64-cross = Win 64-bit, gcc-4.7.1, MinGW, internal FFT, no MPI, OpenMP
# mingw64-cross-mpi = Win 64-bit, gcc-4.7.1, MinGW, internal FFT, MPICH2, OpenMP
# myrinet = cluster, g++, myrinet MPI, no FFTs
# power = IBM Power5+, mpCC_r, native MPI, FFTW
# redsky - SUN X6275 nodes, Nehalem procs, mpic++, openmpi, OpenMP, no FFTW
# serial = RedHat Linux box, g++4, no MPI, no FFTs
# stampede = Intel Compiler, MKL FFT, Offload to Xeon Phi
# storm = Cray Red Storm XT3, Cray CC, native MPI, FFTW
# tacc = UT Lonestar TACC machine, mpiCC, MPI, FFTW
# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3
# ubuntu_simple = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, KISS FFT
# xe6 = Cray XE6, Cray CC, native MPI, FFTW
# xt3 = PSC BigBen Cray XT3, CC, native MPI, FFTW
# xt5 = Cray XT5, Cray CC, native MPI, FFTW
... or one of these from src/MAKE/MINE:
-
$ sudo make install-python
-
$ sudo make install-python
باز هم نشد
sudo make install-python
[sudo] password for hassan:
installing lammps.py in Python site-packages dir
running install
running build
running build_py
creating build
creating build/lib.linux-x86_64-2.7
copying lammps.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7
running install_lib
copying build/lib.linux-x86_64-2.7/lammps.py -> /usr/local/lib/python2.7/dist-packages
byte-compiling /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/lammps.py to lammps.pyc
running install_egg_info
Writing /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/lammps-15May15.egg-info
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/src$ cp lmp_ompi_icc ../bench
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/src$ cd ../bench/
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc <in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc -in in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
-
توی همون مسیر به این شکل اجراش کن:
$ ./lmp_ompi_icc <in.lj
-
توی همون مسیر به این شکل اجراش کن:
$ ./lmp_ompi_icc <in.lj
hassan@hassan-Box:~/Desktop/lammps-10Aug15/src$ lmp_ompi_icc <in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
متاسفانه بازم نشد
-
اون چیزی که من نوشتم رو بزن، نه چیزی که خودت مي‌خوای رو!
به ترتیب این‌ها رو رونوشت کن و بچسبون تو شبیه‌یاز پایانه:
$ cd ~/Downloads/lammps-10Aug15/bench
$ ./lmp_ompi_icc < in.lj
-
شد
این درسته؟
باید فایلی که کامپایل میشه رو توی پوشه فایل ورودی کپی کنم بعد به جای دستور lmp_ompi_icc <in.lj از ./lmp_ompi_icc < in.lj استفاده کنم
توی help نرم افزار که نیومده بود باید از این کد استفاده بشه
وقتی قبل یه دستور /. استفاده میشه معنا خاصی داره؟
خیلی ممنون
-
در حالت عادی وقتی دستوری رو میزنی، توی متغیَر محلّی PATH به دنبال اون می‌گرده. اگه می‌خوای بگی پروندهٔ اجرایی‌ای رو که مسیرش در PATH نیست، اجرا کنه باید مسیر کامل اون رو بهش بدی. در مسیر دهی همیشه «.» به شاخهٔ جاری و «..» به شاخهٔ والد اشاره می‌کنه. شاخه‌ها با «/» از هم جدا می‌شن. پس وقتی یه نقطه و یه اسلش میزنی، یعنی توی همین شاخه‌ای که الآن هستم. می‌تونی به‌جای این کار، شاخه‌ای که پروندهٔ اجرایی توشه رو به PATH بیفزایی.
-
آقای دانیال بهزادی تشکر
متشکرم که وقت گذاشتی و جواب دادی
-
اگر هدفت از کار با lammps ظولانی و ادامه دار نیست و اگه با لینوکس آشنایی زیادی نداری از نسخه ی ویندوزش استفاده کنید.
آموزش هاش هم تو انجمن فیزیک هست.
-
البته اگه داری رو سرور لینوکس کد میزنی که هیچ...
-
مجبورم روی سرور لینوکس کار کنم
-
سلام دوستان
من یک مشکلی با لمپس داشتم تومیل لیست لمپس که نوشتم گفتن از اوبونتو باید باشه و ربطی به لمپس نداره.
تنها جایی که فک کردم می تونم بپرسم اینجابود. ممنون میشم کمکم کنید.
من وقتی یک اجرا با لمپس میذارم بعدش اگه سیستمم رو به اینترنت وصل کنم یا قطع کنم خود به خود از اجرا خارج میشه. هیچ اروری هم نمی ده.
شما می دونید مشکل مربوط به کجاس؟
-
$ sudo apt install lammps