با سلام خدمت دوستان
من برای نصب برنامه Lammps روی اوبنتوی 14.04 با گشتن توی انجمن به این پاسخ رسیدم
http://forum.ubuntu.ir/index.php/topic,72532.msg604437.html#msg604437و طبق اون عمل کردم
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install build-essential openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev fftw2 fftw-devReading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
build-essential is already the newest version.
fftw-dev is already the newest version.
fftw2 is already the newest version.
libopenmpi-dev is already the newest version.
openmpi-bin is already the newest version.
openmpi-doc is already the newest version.
The following packages were automatically installed and are no longer required:
libllvm3.4 linux-headers-generic-lts-vivid linux-image-generic-lts-vivid
thermald
Use 'apt-get autoremove' to remove them.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.بعد لمپس رو دانلود کردم
$ gunzip lammps*.tar.gz
$ tar xvf lammps*.tarو چون در این نسخه لمپس Makefile.openmpi نبود از فایل Makefile.ompi_icc استفاده کردم که البته در این فایل جلوی این سه خط خالی بود( و دیگر ۳ و جود نداشت که به ۲ تبدیل کنم )
FFT_INC =
FFT_PATH =
FFT_LIB = بعد این دستور ها رو وارد کردم
cd lammps-*
cd src
$ make ompi_icc
که بعد از زمان طولانی این پیام آمد
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../velocity.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../verlet.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_data.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_dump.cpp
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../write_restart.cpp
mpicxx -g -O angle_charmm.o angle_cosine.o angle_cosine_delta.o angle_cosine_periodic.o angle_cosine_squared.o angle.o angle_harmonic.o angle_hybrid.o angle_table.o atom.o atom_map.o atom_vec_angle.o atom_vec_atomic.o atom_vec_body.o atom_vec_bond.o atom_vec_charge.o atom_vec.o atom_vec_ellipsoid.o atom_vec_full.o atom_vec_hybrid.o atom_vec_line.o atom_vec_molecular.o atom_vec_sphere.o atom_vec_template.o atom_vec_tri.o balance.o body.o bond.o bond_fene.o bond_fene_expand.o bond_harmonic.o bond_hybrid.o bond_morse.o bond_nonlinear.o bond_quartic.o bond_table.o change_box.o citeme.o comm_brick.o comm.o comm_tiled.o compute_angle_local.o compute_angmom_chunk.o compute_bond_local.o compute_centro_atom.o compute_chunk_atom.o compute_cluster_atom.o compute_cna_atom.o compute_com_chunk.o compute_com.o compute_contact_atom.o compute_coord_atom.o compute.o compute_dihedral_local.o compute_displace_atom.o compute_erotate_sphere_atom.o compute_erotate_sphere.o compute_group_group.o compute_gyration_chunk.o compute_gyration.o compute_heat_flux.o compute_improper_local.o compute_inertia_chunk.o compute_ke_atom.o compute_ke.o compute_msd_chunk.o compute_msd.o compute_omega_chunk.o compute_pair.o compute_pair_local.o compute_pe_atom.o compute_pe.o compute_pressure.o compute_property_atom.o compute_property_chunk.o compute_property_local.o compute_rdf.o compute_reduce.o compute_reduce_region.o compute_slice.o compute_stress_atom.o compute_temp_chunk.o compute_temp_com.o compute_temp.o compute_temp_deform.o compute_temp_partial.o compute_temp_profile.o compute_temp_ramp.o compute_temp_region.o compute_temp_sphere.o compute_torque_chunk.o compute_vacf.o compute_vcm_chunk.o create_atoms.o create_bonds.o create_box.o delete_atoms.o delete_bonds.o dihedral_charmm.o dihedral.o dihedral_harmonic.o dihedral_helix.o dihedral_hybrid.o dihedral_multi_harmonic.o dihedral_opls.o displace_atoms.o domain.o dump_atom.o dump_cfg.o dump.o dump_custom.o dump_dcd.o dump_image.o dump_local.o dump_movie.o dump_xyz.o error.o ewald.o ewald_disp.o fft3d.o fft3d_wrap.o finish.o fix_adapt.o fix_addforce.o fix_ave_atom.o fix_ave_chunk.o fix_ave_correlate.o fix_aveforce.o fix_ave_histo.o fix_ave_histo_weight.o fix_ave_spatial.o fix_ave_time.o fix_balance.o fix_box_relax.o fix.o fix_deform.o fix_drag.o fix_dt_reset.o fix_enforce2d.o fix_external.o fix_gravity.o fix_group.o fix_heat.o fix_indent.o fix_langevin.o fix_lineforce.o fix_minimize.o fix_momentum.o fix_move.o fix_nh.o fix_nh_sphere.o fix_nph.o fix_nph_sphere.o fix_npt.o fix_npt_sphere.o fix_nve.o fix_nve_limit.o fix_nve_noforce.o fix_nve_sphere.o fix_nvt.o fix_nvt_sllod.o fix_nvt_sphere.o fix_planeforce.o fix_press_berendsen.o fix_print.o fix_property_atom.o fix_qeq_comb.o fix_read_restart.o fix_recenter.o fix_respa.o fix_restrain.o fix_setforce.o fix_shear_history.o fix_spring.o fix_spring_rg.o fix_spring_self.o fix_store.o fix_store_force.o fix_store_state.o fix_temp_berendsen.o fix_temp_csld.o fix_temp_csvr.o fix_temp_rescale.o fix_tmd.o fix_tune_kspace.o fix_vector.o fix_viscous.o fix_wall.o fix_wall_harmonic.o fix_wall_lj1043.o fix_wall_lj126.o fix_wall_lj93.o fix_wall_reflect.o fix_wall_region.o force.o gridcomm.o group.o image.o improper.o improper_cvff.o improper_harmonic.o improper_hybrid.o improper_umbrella.o info.o input.o integrate.o irregular.o kspace.o lammps.o lattice.o library.o main.o math_extra.o memory.o min_cg.o min.o min_fire.o min_hftn.o minimize.o min_linesearch.o min_quickmin.o min_sd.o modify.o molecule.o msm_cg.o msm.o neigh_bond.o neighbor.o neigh_derive.o neigh_full.o neigh_gran.o neigh_half_bin.o neigh_half_multi.o neigh_half_nsq.o neigh_list.o neigh_request.o neigh_respa.o neigh_stencil.o output.o pair_adp.o pair_airebo.o pair_beck.o pair_bop.o pair_born_coul_long.o pair_born_coul_msm.o pair_born_coul_wolf.o pair_born.o pair_buck_coul_cut.o pair_buck_coul_long.o pair_buck_coul_msm.o pair_buck.o pair_buck_long_coul_long.o pair_comb3.o pair_comb.o pair_coul_cut.o pair_coul_debye.o pair_coul_dsf.o pair_coul_long.o pair_coul_msm.o pair_coul_streitz.o pair_coul_wolf.o pair.o pair_dpd.o pair_dpd_tstat.o pair_eam_alloy.o pair_eam.o pair_eam_fs.o pair_eim.o pair_gauss.o pair_hbond_dreiding_lj.o pair_hbond_dreiding_morse.o pair_hybrid.o pair_hybrid_overlay.o pair_lcbop.o pair_lj96_cut.o pair_lj_charmm_coul_charmm.o pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.o pair_lj_charmm_coul_long.o pair_lj_charmm_coul_msm.o pair_lj_cubic.o pair_lj_cut_coul_cut.o pair_lj_cut_coul_debye.o pair_lj_cut_coul_dsf.o pair_lj_cut_coul_long.o pair_lj_cut_coul_msm.o pair_lj_cut.o pair_lj_cut_tip4p_cut.o pair_lj_cut_tip4p_long.o pair_lj_expand.o pair_lj_gromacs_coul_gromacs.o pair_lj_gromacs.o pair_lj_long_coul_long.o pair_lj_long_tip4p_long.o pair_lj_smooth.o pair_lj_smooth_linear.o pair_mie_cut.o pair_morse.o pair_nb3b_harmonic.o pair_polymorphic.o pair_rebo.o pair_soft.o pair_sw.o pair_table.o pair_tersoff.o pair_tersoff_mod.o pair_tersoff_zbl.o pair_tip4p_cut.o pair_tip4p_long.o pair_yukawa.o pair_zbl.o pppm_cg.o pppm.o pppm_disp.o pppm_disp_tip4p.o pppm_stagger.o pppm_tip4p.o procmap.o random_mars.o random_park.o rcb.o read_data.o read_dump.o reader.o reader_native.o reader_xyz.o read_restart.o region_block.o region_cone.o region.o region_cylinder.o region_intersect.o region_plane.o region_prism.o region_sphere.o region_union.o remap.o remap_wrap.o replicate.o rerun.o respa.o run.o set.o special.o thermo.o timer.o universe.o update.o variable.o velocity.o verlet.o write_data.o write_dump.o write_restart.o -o ../lmp_ompi_icc
size ../lmp_ompi_icc
text data bss dec hex filename
4724855 8088 16360 4749303 4877f7 ../lmp_ompi_icc
make[1]: Leaving directory `/home/hassan/Downloads/lammps-10Aug15/src/Obj_ompi_icc'
بعد برای اجرای یک مثال این دستورات را زدم
$ cp lmp_ompi_icc ../bench
$ cd ../bench/
~/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc <in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ lmp_ompi_icc -in in.lj
lmp_ompi_icc: command not found
وقتی bench دستور ls را زدم فایل lmp_ompi_icc وجود داشت.
~/Downloads/lammps-10Aug15/bench$ ls
Cu_u3.eam in.rhodo log.15May15.eam.fixed.icc.4
data.chain in.rhodo.scaled log.15May15.eam.scaled.icc.4
data.chute KEPLER log.15May15.lj.fixed.icc.1
data.rhodo lmp_ompi_icc log.15May15.lj.fixed.icc.4
FERMI log.15May15.chain.fixed.icc.1 log.15May15.lj.scaled.icc.4
in.chain log.15May15.chain.fixed.icc.4 log.15May15.rhodo.fixed.icc.1
in.chain.scaled log.15May15.chain.scaled.icc.4 log.15May15.rhodo.fixed.icc.4
in.chute log.15May15.chute.fixed.icc.1 log.15May15.rhodo.scaled.icc.4
in.chute.scaled log.15May15.chute.fixed.icc.4 POTENTIALS
in.eam log.15May15.chute.scaled.icc.4 README
in.lj log.15May15.eam.fixed.icc.1
همان طور که مشاهده می کنید lmp_ompi_icc ساخته شده ولی command not found می دهد
الان باید چه کار کنم؟
ایا درست کامپال شده؟
چرا اجرا نمی شه؟
پیشاپش از همه دوستان به خاطر خواندن این متن طولانی تشکر می کنم
موضوع: مشکل در نصب کردن Lammps ( حل شد ) (دفعات بازدید: 7040 بار)
