برای پاک کردن بسته های deb کافیه بزنی
sudo apt-get clean
برای پاک کردن برنامه از داخل لینوکس همون Purge یا remove کافیه.
برای پاک کردن وابستگی ها نیاز نیست کاری انجام بدی. دو حالت داره:
1) یا اینکه اون وابستگی ها مربوط به باقی برنامه ها هم میشن. پس طبیعیه که نباید پاک بشن.
2) یه وابستگی هایی داشته که فقط مال خودشن. بعد از ریموو کردن بسته، خود apt بهت میگه که چندتا وابستگی الکی توی سیستمت مونده که نیازی بهشون نمیشه. با دستور autoremove پاکشون کن