اجرای برنامه gromacs بعد از نصب!

[hojy]

سلام
از تو ترمینال نصبیدم و یه مشکلی هم بر نخوردم اما هر چه اسمش رو تو ترمینال می‌نویسم اجرا نمیشه!
تو منوی یونیتی هم نیست!

[دانیال بهزادی]

اجرا نمی‌شه خیلی کلمه‌ی بی‌معنی‌ایه. بالخره چه اتّفاقی می‌افته دیگه! تا نگی چه اتّفاقی می‌افته این‌جا کسی علم غیب نداره که بدونه

[hojy]

شرمنده تازه کارم!
sudo apt-get install gromacs
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
gromacs is already the newest version.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.

gromacs
gromacs: command not found

[سلمان م.]

سلام. اگه اینجا رو بخونید توضیح داده: http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#examples
میگه که توی ترمینال بزنید luck

[hojy]

root37@root7-System-Product-Name:~$ luck
No command 'luck' found, did you mean:
 Command 'suck' from package 'suck' (universe)
luck: command not found
 
شما کسی رو میشناسید با gromacs کار کرده باشه؟

[lotus]

سلام،شما تونستید GROMACS رو نصب کنید؟؟؟؟ منم الان یه ماه باش درگیرم، مخصوصا که با لینوکسم آشنایی چندانی ندارم
جون هرکی دوست داری مراحل کامل نصب و اجراشو  بگو چه جوریه و ما رو ازین گرفتاری نجات بده

[majidkamali1370]

درسته وقتی luck رو مینویسید اون چیزی که باید اجرا نمیشه ولی اگه درست نصب شده مشکلی نیست.
بنده برنامه رو نصب کردم و طبق مثال پیش رفتم. پنچره ای باز شد ولی واقعا افتضاح بود قابل توصیف نیست. اکیدا پیشنهاد میکنم نصب نکنید.
دوستان اگه کسی در زمینه شبیه سازی مولکولی برنامه ای سراغ داره که خوب باشه و در ضمن دارای واسط خوبی هم باشه لطفا معرفی کنید، نیازمندیم.

[سلمان م.]

نمی‌شونه به صورت «خط فرمان» (command line) باهاش کار کرد؟ باید حتما گرافیکی کار کرد؟

[majidkamali1370]

گرافیکیش هم چیز مالی نیست. چه برسه به خط فرمانش.
من طبق مثالش پیش روفتم و اون قسمتی که گفته فایل demo رو اجرا کنید، اجرا کردم. بعد از چنتا اینتر زدن، یه واسط گرافیکی ای دیدم که ... اصلا داغون. فکر کنم با glui نوشته بودن خیلی شبیه اون بود. الان بیشتر قدر گنوم رو میدونم

[lotus]

برنامه شبیه سازی دینامیک مولکولی که زیاد داریم اما میگن DL_POLY هم جامع هم راحتتراز گرومکسه!البته این بستگی داره چی رو simulation میکنی،بهرحال من که مجبورم ازgromacsاستفاده کنم،لطفا اگه نتیجه ای گرفتین تو forum بیارید

[Sia]

گرومکس به خودی خود محیط گرافیکی نداره... command line  هستش و با gmx شروع میشه نه gromacs، با این نرم افزار میتونید ساختار های مولکولی با فرمت هایی از قبیل .pdb رو تبدیل و ادیت کنید و کارای محاسباتی و آنالیزو انجام بدید و اینکه جایگزینی جز namd نداره، برای view و simulate کردن از نرافزار های avogadro و vmd استفاده کنید