ایول حل شد 
فقط برای هر بار اجرای نسخه دوم تلگرام باید کل دستور رو توی ترمینال یه بار دیگ بزنم. راهی هست که برای نسخه دومی هم آیکون بسازم. الان یه آیکن از تلگرام دارم که وقتی روش کلیک می کنم نسخه اول تلگرام باز میشه. نسخه دوم تلگرام هم با همین آیکون بالا میاد!
آیکون رو نمیتونم براتون درست کنم، خودتون دنبال آیکونش بگردید، ولی برای اینکه بتونید از Dash پیداش کنید، دستور زیر رو بزنید:
sudo gedit ~/.local/share/applications/telegram2.desktopبعد این رو توش کپی کنید و ذخیره کنید:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Name=Telegram 2 Desktop
Comment=Official desktop version of Telegram messaging app
Exec=~/Telegram2/Telegram -many -workdir ~/Telegram2/TelegramDir -- %u
Icon=telegram
Terminal=false
StartupWMClass=Telegram
Type=Application
Categories=Network;
MimeType=x-scheme-handler/tg;
X-Desktop-File-Install-Version=0.23کارکردش مشروط به اینه که برنامه تلگرام دومی رو توی پوشه کاربری خودتون، داخل فولدر Telegram2 ریخته باشید. یعنی مسیر زیر باید قابل دسترس باشه و اجرا بشه:
~/Telegram2/Telegramحالا برنامه ای به اسم Telegram 2 Desktop توی Dash ظاهر میشه.