خود فایل رو چطوری میتونم پاک کنم ؟ چون داخل /etc/apt و داخل /etc/apt/sources.list.d نمیتونم چیزی رو پاک کنم
با rm میتونید پاک کنید. برای اینکار، باز هم به دسترسی روت نیاز دارید.
اصلا میشه فهمید که یک مخزن ایمن هست یا نه ؟
از چه نظر؟ اگه اون مخزن از https پشتیبانی کنه، کسی نمیتونه بفهمه شما چی از مخزن دریافت کردید. (البته از مقدار اطلاعات داتلود شده، زمان وصل بودن، تعداد بستههای ip منتقل شده و ... میشه یهسری حدسهایی زد. اینو نمیتونید کاری کنید ولی بقیه هم به همین راحتی چیزی نمیفهمند)
یکی اینکه بستههای اون مخزن، آزاد یا حداقل متنباز باشند. اینجوری اگه داخل کد چیزی باشه، میشه فهمید.
اون مخزن به توزیع شما بخوره. اگه مثلا مخزن اوبونتو 21.04 رو به اوبونتو 20.04 اضافه کنید، مشکل پیش میاد.
سعی کنید هر مخرنی رو اضافه نکنید. شاید مشکل امنیتی نداشته باشند ولی ممکنه با بستههای سیستم، مشکل پیدا کنند.