یک راه حل خیلی ساده این است که مثلا اگه برنامه رو از مخازن اصلی نصب کرده باشی اگه نسخه فلت پک اون نصب کنی می تونی دو نسخه از یک اپلیکیشن رو داشته باشی و اگه نسخه اسنپ رو هم نصب کنی می تونی سه تا از اون برنامه رو داشته باشی(مثلا برای تلگرام).
البته برای تلگرام می تونی از گیت هاب فایل tar.gz که هست(فک کنم بهش میگن appimage) رو تو پوشه های مختلف قرار بدی و هر کدومش یک نسخه جدا با تنظیمات پیشفرض خودش قلمداد میشه
نکات تخصصی اش رو هم بقیه بگن