ببین دوست عزیز این nekoray صرفا یه پروکسی بهت میده، این پروکسی رو تا استفادش نکنی هیچ اتفاق خاصی توی سیستمت نمیفته، مثل Proton VPN نیست که کل سیستم در جا ترافیکش پوشش بده، حالا وقتی از nekoray استفاده میکنی یه پروکسی روی IP محلی خودت یعنی 127.0.0.1 میزنه با یه پورت مشخص که همونجا هم مینویسه برات، nekoray این پروکسی رو میتونه هم روی http/https یا socks5 بزنه، اینا پروتکل هستند شما نیازی نیست کاریشون داشته باشی. خوب الان این پروکسیها رو داری هر جا خواستی میتونی استفاده کنی، معمولا میتونی متغیر محلیهاش رو روی خود سیستم ست کنی ولی برنامهها تعهدی ندارن حتما از اونا استفاده کنن یا نه، پس اگه جدا گونه برای هر برنامهای که میخوای ست کنی نتیجه بهتری میگیری، مثلا وقتی شما رو فایرفاکس ست کردی صرفا فایرفاکس هست که داره از این اسفاده میکنه، الان مثلا میخوای روی ترمینال ست کنی باید روی bash تنظیمش کنی، سرچ کنی میاره واست... البته اگه شما میخوای روی Proton VPN پروکسی ست کنی نمیدونم جواب میده یا نه امتحان کن.
در آخر هم اون قسمت VPN Mode خود nekoray در واقع کل ترافیک سیستم رو از پروکسی رد میکنه و نیازی به این کارا نیست ولی فکر کنم با Proton VPN به مشکل برخورد کنه.