حدس میزنم در مرحلهٔ تولید کلید یا قرار دادنش در گیتهاب مشکل دارید.
من کلید مربوط به گیتهاب را به ماشین دیگری منتقل کردم و به این شکل به ssh گفتم که برای احراز هویت به جای پروندهٔ پیشفرض به نام id_rsa از کدام کلید استفاده کند.
$ ssh -T git@github.com -i /home/esmaeel/.ssh/github
Hi esmaeelE! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.