با سلام
شما می تونید با دستور rsync کار کنید.http://en.wikipedia.org/wiki/Rsync
یا می توانید از محیط گرافیکیش (32 و 64 بیتی)استفاده کنید :http://www.webupd8.org/2010/03/grsync-rsync-gui-110-ubuntu-910-and.html
یا می توانید از نرم افزار DirSyncPro به آدرس زیر استفاده کنید:http://www.dirsyncpro.org
پیشنهاده خودم دومیه ! بهتر و سریعتره !