اگر همیشگی بود مشکل از کانفیگش بود. اما چون میفرمایید بعضی اوقات اتفاق میافته همونطور که آقا کیان گفتند عمل کنید:
فایلی با نام مثلا .start-conky بسازید و داخلش محتویات زیر رو بنویسید.
#!/bin/sh
sleep 20
conky -d -c ~/.conkyrc
exit
بهش مجوز اجرا بدید و آدرسش رو بندازید داخل Auto start.