در جواب پرسش اول راه های زیادی برای این کار وجود داره. یکیش اجرا کردن مرورگر پیشفرض اوبونتو یعنی Nautilus با سطح دسترسی root هست که فکر می کنم مقصود شما همین باشه. برای این کار کلید ALT+F2 رو بزنید و در پنجره ی run بنویسید:
gksu nautlus
یا در محیط ترمینال تیپ کنید:
sudo nautilus
اگر شما از مرور گر دیگه ای مثل Dolphin یا PCman یا ... ایتفاده می کنید، با این روش می توانید سطح دسترسی root داشته باشید.
در مورد پرسش دوم، اگر منظور شما Clamav هست، این آنتی ویروس از طریق خط فرمان قابلیت بروز رسانی دارد. با
man clamav
یا
clamav --help
می توانید دستور مناسب رو پیدا کنید.
البته فکر می کنم calm هم یه آنتی ویروس باشه که من تا حالا باهاش کار نکردم. توصیه می کنم calmav رو نصب کنید:
sudo apt-get install clamav
این آنتی ویروس خط فرمانیه و قالب کلی استفاده ازش به این شکله:
sudo clamscan -r /location_of_files_or_folders
اما رابطهای گرافیکی خوبی هم براش نوشته شده. از جمله clamtk که می تونی اینجوری نصبش کنی:
sudo apt-get install clamtk
آنتی ویروس Avast هم خوب و کاربردیه و رابط گرافیکی هم داره، خیلی ساده هم بروز رسانی می شه:
http://forum.ubuntu.ir/index.php?topic=6619.0