!!!!!این نرم افزار به صورت سورس نصب شده است 
کافیه فایل 
 /usr/local/bin/vmd رو با یک ادیتور مورد ادیت قرار داده ! مثال gedit 
sudo gedit  /usr/local/bin/vmd سپس در قسمت rlwrap فایل ۲ تا تغییر کوچولو بدین 
یعنی این جا 
 # detect if we have rlwrap available to have commandline editing
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f
${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
    else
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
    endif
  endif
endif 
فقط کافیه قبل ۲ تا SET اخر یک # بزارین !به این صورت 
# detect if we have rlwrap available to have commandline editing
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f
${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -f
${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
    else
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c "
    endif
  endif
endif 
بعد سیو کنین !gedit رو ببندین و vmd رو باز کنین 

به همین راحتی !
توضیح !؛ اشتباه توی سورس این نرم افزاره !برای این که "/" رو قرار داده جای کارکتر !