باید مفسر پایتون رو به PyDev معرفی کنید. از منوی Window گزینه Preferences و از ساختار درختی کناری PyDev و سپس Interpreter - Pythonرو انتخاب کنید. حالا در بخش سمت راست (بالا) یا گزینه Auto Config رو بزنید که خودش دنبال مفسرهایی که نصب هستن بگرده و یا با استفاده از دکمه New یکی از مفسرهایی که نصب هست رو بهش معرفی کنید. مثلا:
/usr/bin/python2.7
یا هر ورژنی که نصب دارید. اسمش رو هم هرچی بذارید تفاوتی نداره.