دوست عزیز اگه برنامه ایی تو مایه های active directory و مدیریت کاربرانه که خوب همونطور که abyz گفت لینوکس داره (یکی از اولین و بنیادیترین کارای سرور همینه!
)
به هر حال هر برنامه ای که بخوای بنویسی توصیه می کنم بجای استفاه از mono و زبانهای مایکروسافتی از زبان ها و کتابخانه های متداول مورد استفاده در لینوکس استفاده کنی :
چراکه ممکنه نیاز به libraryها یا حتی framework اضافی باشه
نتیجتا : موقع نصب روی ماشین ها باید این library های اضافی رو بنصبی براشون
هم اینکه چون مستقیما روی معماری لینوکس اجرا نمیشه و حالت شبیه سازی داره سرعت پایین تری داره
توصیه می کنم از framework خوب QT با زبان C و ++C استفاده کنی یا اگر میخوای با زبان های NET. ایی بنویسی روی همون ویندوز کارکن
البته شاید python هم گزینه خوبی باشه ولی من باهاش کار نکردم