شما میتونید تو تنظیمات VirtualBox محل دیگه ای رو برای قرار دادن فایل ها ست کنید.
File -> preference -> default machine folder
اینکار در مراحل ایجاد ماشین مجازی هم امکان پذیر هست.
تا جایی که خاطرم هست برای تغییر سایز باید به صورت لایو بالا بیاید تا پارتیشن ها mount نشده باشند و بعد با ابزار های مثل gparted اقدام به تغییر سایز کنید.