اگه محتویات فایل اول رو ببینی خودش گفته! با استفاده از دستور زیر میتونی توی ترمینال ببینی:
more /boot/grub/grub.cfg
#
# DO NOT EDIT THIS FILE
#
# It is automatically generated by grub-mkconfig using templates
# from /etc/grub.d and settings from /etc/default/grub
#
میگه: لطفا این فایل را ویرایش نکنید، محتویات این فایل به صورت اتوماتیک بر اساس /etc/grub.d و تنظیمات توی /etc/default/grub (فایل دومی که شما گفتی) ساخته میشه.