ظاهرا در ویندوز از keepass 1.x استفاده میکردید که از دیتابیس KDB (مخصوص نسخه ۱) استفاده میکنه و تو گنو/لینوکس keepass 2.x نصب کردید که از دیتابیس با پسوند kdbx استفاده میکنه. راه حل هم که گفته یک دیتابیس جدید بساز و قبلی رو import کن توش.
اما پیشنهاد من به شما این هست که keepassx نصب و از همون دیتابیس قبلیتون استفاده کنید.