بنظر میرسه که شما دچار سو تفاهم شدی.
texmaker یا biditexmakec یا gummi یا ... هیچکاری انجام نمیدهند، اونها فقط یک سری از ابزارها رو دم دست گذاشتن که کاربر راحتتر باشه و نخواد دستورها رو حفظ کنه و فقط روی اونها کلیک میکنه.
برای فارسی نویسی این xelatex (و دیگر بستههای فراخوانی شده) هستند که کارها رو انجام میدند و بعد xepersian اونها رو متناسب برای فارسی زبانها میکنه. شما متن رو با هر ویرایشگر متنی خواستی بنویس و بعد با دستور زیر خروجی pdf بگیر:
$ xelatex matne-man.tex