بوت لودر هارد دیسک ربطی به بوت لودر سی دی یا فلش نداره! شما تو تنظیمات BIOS یا uEFI باید تنظیم کنی که از روی کدوم دیوایس بوت شه!
اینکه نمایش نمیده به خاطر اینه که mount نشده. البته اوبونتو موقعی که با سی دی یا فلش به صورت زنده میاد بالا اتوماتیک mount نمی کنه. باید دستی mount کنی. device file ها تو /dev هستند. مثلا /dev/sda2 یعنی پارتیشن دوم دیسک اول. ممکنه درست unmount نشده که با دستور fsck میشه درستش کرد