سلام
احتمالاً منظور شما این هستش که میخواهید مثلاً یک فایل داشته باشید که وقتی اون فایل رو اجرا کردید، برنامهٔ اصلیتان وارد پوشه /usr/bin بشه و فایل .desktop شما وارد قسمت /usr/share/application بشه و شما بتوانید از طریق منوی نرمافزارها آن را اجرا کنید. یا این که نرمافزار شما برای bash یک wrapper بسازه تا زمانی که نام نرمافزارتان را درون bash وارد میکنید، نرمافزارتان اجرا بشود.