تو گنو/لینوکس همینطور که میدونید مهم نیست کدوم پارتیشن boot flag داره، کد گراب از روی MBR اجرا میشه boot/ رو پیدا میکنه، Menu و ... رو ازش لود میکنه بعد بسته به انتخابی که میکنید یا kernel و initrd لینوکس رو لود میکنه یا یک بوت لودر دیگهای رو chainload میکنه.
boot flag رو همون پارتیشن ویندوزیت باید باشه. اینکه چرا gnome disks پارتیشن bootات رو * میزنه رو مطمئن نیستم.