نه مشکلی با حذف فروشگاه گنوم پیش نمیاد.
مدیر بسته اصلی دبیان پایه ها dpkg هست که خیلی سطح پایینه و کار باهاش سخته بعد برای راحتیه کار رفتن چنتا برنامه ساختن که یک frontend برای dpkg هستن و کارباهاشون راحت تره، که اونا میشن apt-get, apt-cache و ...
بعد هم باز دوباره اومدن یک frontend برای apt-get, apt-chache و ... ساختن که ویژگی های پر کاربردشونو باز خیلی راحت تر در اختیار میذاره که اون میشه apt
برای نوشتن کدنوشته ها(اسکریپت ها) بهتره از apt-get و ... استفاده کنید.
برای کارای عادی هم از apt تا جایی که پشتیبانی میکنه