ffmpeg توی خط فرمان خیلی تمیز تر کار میکنه و به راحتی تنظیمات روی خروجی اعمال میشه
در صورتی که تا اونجایی که شنیدم هیچ پوسته گرافیکی نمیتونه همه اختیارات این برنامه رو شامل بشه
برای تبدیل به صورت ساده فقط دو پارامتر هست که یکی اسم فایل و دیگری اسم فایل خروجی
که وقتی پسوند فایل مشخص بشه به طور خودکار تنظیمات انجام میشه
در صورتی هم که بخواید خروجی تمیز تر یا advance باشه با چند option کوچولو و تر تمیز نتیجه فوق العاده ای به دست میاد
راهنمای خود ffmpeg خودش گویا همه چیز هست و توضیحات کامل رو داره
ffmpeg --help
man ffmpeg
توی سایت رسمی خود برنامه هم همراه با مثال و کامل توضیح داده شده همه تنظیمات رو
همچنین توی ویکیپدیا
سرعت عمل هم توی خط فرمان بیشتر و نتیجه قوی تر میشه
میگی نه نگاه کن