nautilus یک برنامه گرافیکی است و باید با استفاده از gksudo اجراش کنید.اگرچه با استفاده از sudo nautilus هم اجرا میشود ولی بهتر است که از این دستور استفاده نکنید و برای برنامه مذکور از gksudo استفاده کنید.البته پیشنهاد میشه از طریق ترمینال و با استفاده از sudo کار کنید و به کمک دستوراتی مثل cp و ls و ... کارهای مدیریت فایل در سطح روت رو انجام بدید.چون امنیت بالاتری داره/دلیل اون رو نمیدونم.ولی این نظر اساتید و ناظران سایت مثل nixeon است