لوپ یا شل اسکریپت

[Ghazal]

سلام به همه
من یک سوال فکر می کنم خیلی ابتدایی دارم. 
من حدود 300 تا نمونه دارم که دارم روشون آنالیز انجام می دم و باید آنالیزهای مختلفی روشون انجام بدم که هرکدام نیازمند یک کامند هستش.
قطعا منطقی نیست که بخوام هر کامند را برای تک تک نمونه ها تکرار کردم (هرچند که در مورد یکیش مجبور شدم!) و باید که براشون لوپ بنویسم.
لوپ نوشتن برام خیلی سخته! چون با قواعدش به صورت پایه ای آشنا نیستم. از طرفی فکر می کنم که با شل اسکریپت هم می تونم اینکار را انجام بدم.
اگر همینطور هست (یعنی هم با یک for loop  و هم با شل اسکریپت می تونم اینکار را انجام بدم) می خواستم بدونم کدامیک از این دو روش بهتره؟ و اساسا اندیکاسیون استفاده از هرکدامشون چی هست؟
این یک نمونه از کامندهایی هست که باید روی نمونه هام انجام بدم:

usearch -uchime_ref reads.fasta -db 16s_ref.udb -uchimeout results.uchime -strand plus

لوپش خیلی نباید پیچیده باشه چون فقط همین کامند باید برای تک تک نمونه ها انجام بشه و یک خروجی مستقل بده ولی نمی دونم چرا هرچه می نویسم، در نمیاد. اگر امکانش باشه که در نوشتن لوپ این کامند هم بهم کمک کنید خیلی زیاد متشکر می شم.

[جادی]

سوال خوب جواب خوب. این سوال نسبتا خوبه فقط اگر یک نمونه از لوپی که نوشتی و کار نمی کنه رو هم می ذاشتی راحت می شد کمک کرد (:‌ منطقا چیزی مثل این:

کد: [انتخاب]

#!/bin/bash
for i in $( ls ); do
            echo item: $i
done