متاسفانه در حال حاضر دسترسی به کوبونتو ندارم که تست کنم ولی اگه میخوای که conky حالت transparent داشته باشه تنظیمات رو بشکل زیر تغییر بده
own_window yes
own_window_hints undecorated,below,skip_taskbar
background no
own_window_transparent yes
double_buffer yes
draw_shades no
draw_outline no
draw_borders no
draw_graph_borders no
یعنی هم مقدار own_window و هم مقدار own_window_transparent باید yes باشه