هر دو از netfilter استفاده میکنند. ولی یه جایی خوندم استفاده مستقیم از دستور iptables میتونه توی کار firewalld اختلال ایجاد کنه.
اینکه torctl کل قوانین دیوار آتش رو ریست میکنه و قوانین خودش رو میذاره، میتونه توی کار هر دیوار آتشی که توی سیستم تنظیم شده اختلال ایجاد کنه.
شاید بهتر باشه یه پیغام نمایش بده که این ابزار قوانین دیوار آتش رو کلا تغییر میده.