معلوم نیست مشکل حتما از لاگها باشه. خروجی این رو بذارید تا معلوم بشه هر دایرکتوری داخل /var/ چقدر جا گرفته.
sudo du -h -d1 /var/
بستههای flatpak چون اکثر چیزهایی که برای اجرا نیاز دارند همراهشون هست؛ معمولا حجم بالایی اشغال مبکنند. فکر کنم اونها داخل /var/ نصب میشن ولی مطمئن نیستم.
ممکنه به خاطر نصب اونها فضای روت پر شده باشه.