خوب اون پنجره نیست که شفاف شده فقط ترمینال گنوم هستش و برای شفاف کردنش یک ترمینال باز می کنه و گزینه Edit --> profiles بعدش روی Edit کلیک می کنی و تب Effects رو انتخاب می کنی و گزینه
Transparent background رو انتخاب می کنی شفافیت اون رو هم با Shade Transparent زیرش تنظیم می کنی.