شما اگه از ابزارهای مختص سیستم عامل استفاده نکنید مشکلی ندارید. (برای مثال توی سیشارپ اگه از .Net استفاده کنین ممکنه با مشکل موجه بشین (من سیشارپ کار نیستم و اطلاع دقیق ندارم))
برای سیشارپ میتونین از mono استفاده کنید.
برای c++ هم gcc هست که نسخه ویندوزیش mingw هست.
برای ide هم برای C++ من code blocks رو توصیه میکنم چون توی هر دو سیستم عامل اجرا میشه و محیط عملیاتی یکسانی دارین
برای سیشارپ همه که تنها گزینه تون توی لینوکس mono هست.