خوب اجرا کردن Nautilus با root که یکی از اشتباهترین راههاست ?
میشه دلیل خودتون رو هم ذکر کنید ؟!!
اجرای هر نرمافزاری، که برای اجرا با کاربر ریشه ساخته نشده، با کاربر ریشه اشتباهه. همچنین از لحاظ تجربی میتونه موجب مشکلات دیگهای بشه.
از لحاظ امنیتی مشکل داره (که میشه از باگهای اون استفاده بشه برای بدافزارها یا موارد مشابه)، یا یک اشتباه کاربر میتونه باعث خرابکردن کل سیستم بشه (چون دیگه محدودیتی نداره)، هم در صورتی که کاربر حواسش نباشه میتونه باعث اخلال در Permissionها بشه (وقتی کاربر از اون برای کپی پروندهها در دایرکتوری خودش استفاده کنه).
راه بهتر همون مجوز دسترسی 777 هستش
روی سیستم خونگی به صورت دیفالت این کار رو انجام نمی دن مگر این که منظورتون سرور باشه !! اگر سرور هست پرم 777 می تونه فاجعه ساز باشه درسته؟ پس دیگه بهترین راه نمی شه!!
چرا دیفالت انجام نمیدن؟ دیفالت اینه که هر دفعه میخواید هر تغییری توی یک سایت بدید با کاربر ریشه اون تغییرات رو بدید؟

از لحاظ امنیتی و همچنین تجربی، هر چی شما کمتر از کاربر ریشه استفاده کنید، احتمال مشکل برای سیستمتون کمتره.
همونطور که گفتم راحتترین راه (نه بهترین راه) استفاده از مجوز 777 هستش، چون اینشکلی کاربر میتونه بدون نیاز به کاربر ریشه از این دایرکتوری استفاده کنه، فایل توی اون کپی کنه یا تغییرات دیگه بده.
اگر ادامه اون رو هم میخوندین میدید که دوباره یک راه بهتر از همه این راهها ارائه دادم که مجوز 770 یا 775 به اون دایرکتوری بدهید و خودتون رو عضوی از گروه www-data کنید. همچنین مطمئن بشید که var/www/ هم در گروه www-data قرار داره.
از این راه بهتر هم هست، ولی خوب دیگه زیادی پیچیده میشه.