فرق خاصی نداره ولی چون تازه کاری توصیه میکنم اول ویندزد رو نصب کن، بعد اوبونتو.
چون اگه ویندوز رو روی اوبونتو نصب کنی، دیگه اوبونتو بوت نمیشه و باید دستی گراب رو تعمیر کنی ولی اگر اوبونتو رو روی ویندوز نصب کنی، هر دو (ویندوز و اوبونتو) از گراب قابل بوت هستن.