سلام.
زبان جاوا که اصلا معماریش بصورت مستقل از پلتفرمه. بله میتونید نرمافزاری با جاوا بنویسید که در هر سیستمعاملی اجرا بشه.
ولی در مورد انواع برنامهنویسی در لینوکس اگه زبان/فریمورکهای برنامهنویسی لینوکس از ویندوز بیشتر و متنوعتر نباشه، کمتر نیست!
اگه به VB.NET یا #C علاقه دارید با Mono میتونید با همین زبونها و تو محیطی مشابه Microsoft Visual Studio برنامهنویسی NET. بکنید. همینطور با IDEهای مختلف قابلیت برنامهنویسی ++C/C دارید.
دیگه PHP، Python، Nodejs، Perl، Ruby، Scala، Go و برنامهنویسیهای سطح پایین مثل Assembly رو هم فقط نام میبرم.
نگران برنامهنویسی توی گنو/لینوکس نباش. به احتمال خیلی زیاد همون زبانی که توی ویندوز توش کار میکردی بدون تغییر یا با حداقل تغییرات توی گنو/لینوکس داری.