من با همهی IDEهای جاوا مدت زیادی کار کردم...
Netbeans بی عیب و نقصه ولی چندان از اون چیزی که هست تغییر نمیکنه! یا بهتره بگم چندان به افزونههاش نمیشه دل بست.
ٍEclipse خیلی گستردهست ولی متاسفانه به نظر من چندان خوشساخت نیست. محیطش هم به نظرم هدفمند نیست و توش گم میشم.
IntelliJ IDEA (و کلا بقیهی IDEهای شرکت JetBrains) خیلی خوشساخت و کاربر پسنده. از نظر محیط ویرایش از قبلیا برتر میدونمش و پلاگینهای نسبتا خوبی هم داره (البته به Eclipse نمیرسه) اما سنگین و کند اجرا میشه به نظرم.
چه برای Java SE و چه برای Java EE من الان از Netbeans و IntelliJ IDEA استفاده میکنم.
اینم اضافه کنم که باتوجه به اینکه Eclipse از SWT استفاده میکنه و توش کامپوننتهای محلی سیستم استفاده میشن، معمولا یکم روونتر از Netbeans اجرا میشه.