فکر کنم منم این مشکل رو داشتم قدیما.
من این دستورات رو میذاشتم توی استارت آپ تا اجرا بشه.
برات میذارم، یه خو باهاش ور برو تا بگیری قضیه رو

#! /bin/bash
sleep 2s
killall conky
cd "/home/xubuntu/Conky/Gold&Grey/config"
conky -c "/home/xubuntu/Conky/Gold&Grey/config/net" &
cd "/home/xubuntu/Conky/Gotham"
conky -c "/home/xubuntu/Conky/Gotham/config/Gotham" &
یه فایل متنی بساز و اینو بذار داخلش و بعد بهش دسترسی اجرایی بده (با chmod +x) بعد فایل رو بذار توی استارت آپ.ولی خب باید اون آدرسها رو متناسب با کانفیگ خودت بدی. اینجوری موقع استارت آپ، تنظیماتشون بهم نمیریزه.
توی همون فایل های کانفیگ Conky Manager که بری، یه فایل مثل همین میبینی. اصلا همون فایل رو میتونی بذاری توی استارت آپ تا اجرا بشه. فایلش شبیه به فایل بالاس.