شما به احتمال زیاد برای تغییرهایی که میدید قبلش یه branch جدید درست نمیکنید.
رسم بر این هست که شما یک branch دارید، یعنی همونی که clone کردید و اسمش مثلا master هست. بعد شما نباید کدهای این branch رو دستکاری کنید. همون اول کار یک branch جدید ازش میسازید به اسم مثلا fix-bug-shellshock. و بعد فقط این برنچ جدید رو دستکاری میکنید و این برنچ هم وصل هست به مخزن خودتون روی گیتهاب یا گیتلب مثلا (با استفاده از دستور remote) و نه مخزن اصلی. بعدش هر موقع که خواستید درخواست merge request (توی گیتهای بهش میگن pull request) میدید.