sudo apt-get remove PROGRAMNAME
معمولا برنامه هایی که از سورس نصب میشن به این شیوه حذف نمیشن
برای حل مشکل اگر همانطور که کوشا گفت اسکریپت uninstall وجود داره از اون استفاده کن و اگر وجود نداره با دستور whereis ببین کجا نصب شده و فایل هاش رو دستی پاک کن
مثلا فرض کن شما برنامه vlc رو نصب کردی . برای اینکه ببینی فایلهاش کجاست باید بنویسی
whereis vlc
و بعد در خروجی مسیر فایل ها رو میبینی . برای پاک کردنشون هم باید از دستور rm استفاده کنی و اگر فایل در پوشه های ریشه هست قبل از rm باید sudo بگذاری. مثلا
sudo rm -rf /usr/share/your_program
توی استفاده از دستور sudo rm خیلی! دقت کن و مواظب باش! که پوشه ای رو که میخوای پاک کنی درست بنویسی تا چیز اشتباهی پاک نشه و برات مشکل درست کنه