متاسفانه هیچ تغییری حاصل نشد 
فکر میکنم این مشکل شما به صورت باگ ریپورت شده قبلا :
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-terminal/+bug/1593928
لینک های زیر هم شاید کمکی کنه
https://askubuntu.com/questions/663153/cannot-open-gnome-terminal-preferences-window
https://askubuntu.com/questions/926678/gnome-terminal-doesnt-start-from-unity
https://askubuntu.com/questions/875537/cannot-open-gnome-terminal-from-unity-launcher-or-from-side-panel-shortcut
بازم ممنون.
اینطور که من فهمیدم هنگام کلیک کردن روی ایکون terminal یونیتی فایل زیر رو اجرا میکرد
/usr/lib/gnome-terminal/gnome-terminal-server
وقتی اونرو از طریق ترمینال بازش کردم این ارور رو گرفتم
Failed to register: Unable to acquire bus name 'org.gnome.Terminal'
الان فایل .desktop رو طوری تنظیم کردم که این فایلو باز کنه
/usr/bin/gnome-terminal
و تونستم روی این مشکل سرپوش بذارم. ولی میخوام بدونم چه اشکالی با gnome-terminal-server وجود داره تا این مشکل رو ریشه ای رفع کنم