اگر کدی رو با dotNET خالص نوشته باشید (و dll های ویندوز رو import نکرده باشید) کاملا در لینوکس با مونو کامپایل میشه.
حتی می تونید در ویندوز کامپایل کنید و در لینوکس به مونو اجرا کنید یا بالعکس.
برای نمونه برنامه KeePass داری نسخه دات نت است که در لینوکس با مونو اجرا میشه.