میتونید اول با tar و همراه آپشن same-owner-- و سوئیچهای مناسب توی مبدا چیزها رو فشرده کنید و بعد با rsync یا ftp بفرستیدش توی مقصد.
دایرکتوریهای /usr/ و /var/ معمولا چیزی ندارند که بکاپ لارم داشته باشند، با نصب دوباره سیستم عامل دوباره درست میشن.
مگه اینکه داخلشون چیزی گذاشته باشید که بهتره اونها رو جدا بکاپ بگیرید نه اینکه از کل دایرکتوری بکاپ بگیرید.
بهتره دایرکتوریهای /etc/ /home/ /root/ /var/www/ و بعضی وقتا /srv/ و /opt/ رو بکاپ بگیرید.
این برای این هست که اگه مشکلی پیش اومد
دوباره سیستم عامل و برنامهای لازم رو نصب کنید و بعد با rsync بکاپها رو جایگزین کنید.
یا میتونید بار اول فقط با rsync به همراه سوئیچهای مناسب فایلها رو بفرستید و دفعههای بعد از آپشن delete-- هم استفاده کنید تا فقط تغییرات ارسال بشه.
برای بدست آوردن اطلاعات بیشتر دربارهی این روش،
اینجا رو ببینید.