همون دستوری که گفتید رو بزنید این کار رو واستون انجام میده:
sudo apt autoremove --purge wine wine64
در کل اگر هر وقت بزنید
sudo apt autoremove
تمام بستههای اضافه که وابستگی ندارن رو پاک میکنه.
اگر چیزی روی سیستمتون باقی میمونه، یعنی احتمالا وابستگی یه چیز دیگه هم هستش، یا اینکه خودتون جداگانه نصبش کردید و بنابراین حذفش نمیکنه.