کار زیاد سختی نیست ولی بهتره تا جای ممکن یه میزکار qt و یه میزکار gtk رو همزمان نصب نکنید. یه چیز دیگه که باید باهاش کنار بیاید، وجود دو برنامه برای یه کار هست. مثلا شما mate و gnome رو همراه هم نصب میکنید، در این حالت یه مدیرفایل nautilus دارید که با گنوم نصب شده و یه caja که با mate نصب شده. برای بقیه برنامهها هم ممکنه همینطور باشه.
ویکی آرچ خیلی وقتها کمک میکنه.