فایلی که از سایت اصلی دانلود کردید رو استخراج و نصب کردید؟ میتونید لیست فایل های اون رو با ls اینجا بذارید؟ اگه فایلی با پسوند desktop. وجود داره احتمالا باید اون رو داخل usr/share/applications/ کپی کنید. اگه با ترمینال هستید xampp رو بزنید و ببینید آیا وجود داره یا نه. در مورد حذف برنامه از خارج از مخزن رو فکر نکنم راه درست و حسابی باشه و چون اوبونتو ندارم مطمئن نیستم مگر اینکه خود سازنده گزینه حذف رو بذاره.