سلام،
بسته به خود برنامه و میزکار توزیعتون داره.مثلا بعضی برنامهها یک سرویس در init سیستم نصب میکنن، ولی بعضیهای دیگه با خود میزکار تعامل میکنن.
مثلا برای گنوم میتونید از برنامه gnome-session-properties برای پیداکردن برنامههایی که به صورت خودکار شروع میشن، استفاده کنید.
اگه اونجا چیزی پیدا نکردید بهتره در init سیستمتون جستوجو کنید، برای systemd از دستور ($ systemctl list-units) برای دیدن فهرست سرویسها استفاده کنید، و با دستور ($ sudo systemctl disable UNIT) هم اونا رو غیرفعال کنید.