اگه حجم به ۴ گیگ نرسیده، remastersys رو تست کنید. از برنامه APTOnCD استفاده کنید که به صورت خودکار از محل دانلود برنامه ها، یک بک آپ درست می کنه که به صورت iso هست و می شه هم روی سی دی رایت کرد و هم به صورت فایل نگه داشت. البته بسته به زمان ممکنه همه برنامه های شما هنوز داخل کش (cache) نباشن (به خاطر سیاستهای احتمالی فضای سیستم). می شه هم به صورت دستی از var/cache/apt/archive/ بک آپ گرفت. و بعد دوباره دستی همه رو کپی کرد.
برای تنظیمات کار خاصی نمی شه کرد مگه اینکه امکان export تنظیمات باشه. یا اینکه دستی از پوشه (معمولا) Home اون تنظیمات خاص رو کپی کنید.