با سلام
اگر منظور شما رو درست فهمیده باشم شما یک تعداد دستورات اجرایی لینوکسی دارید که در ترمینال اجرا میکنید (مثلا برنامه فلان رو اجرا کن- بعد خروجیها رو مثلا کپی کن و غیره)
یعنی به بیان بهتر میخواهید یک سری کارها رو اتوماتیک انجام بدهد.
خوب اصولی ترین و بهترین راه استفاده از Bash file و در واقع shell scripting است. تمامی دستوراتی که می خواهید به ترتیب اجرا شود را درون یک فایل متنی وارد کنید و به راحتی آن را اجرا کنید (البته باید خط اول فایل را اصلاح کنید)
اگر در وسط کار نیاز به پردازش داده ها نیز دارید می توانید از هر زبان برنامه نویسی که دوست دارید و به کارتان می خورد استفاده کنید. و آن را با دستور مناسب درون bash file خود فراخوانی و اجرا کنید.
ناگفته نماند Bash یکی از معروفترین ومتداولترین shell های موجود برای لینوکس و BSD است. در واقع یک زبان برنامه نویسی است که میتوانید از حلقه و شرط و ... نیز در آن استفاده کنید.
برای کسب اطلاعات بیشتر و بهتر به لینکهای زیر مراجعه کنید:
http://tldp.org/HOWTO/Bash-Prog-Intro-HOWTO.html#toc9http://tldp.org/LDP/abs/html/http://www.freeos.com/guides/lsst/